MEIS2は、そのメンバーが組織する次の6つのプロジェクト（AA研の共同利用・共同研究課題）を通じて、中東・イスラーム圏、さらにはそれを越えた領域の諸問題に取り組みます。
| 共同利用・共同研究課題 | 期間 | 研究代表者 |
| 中東・イスラームの歴史と歴史空間の可視化分析―デジタル化時代の学知の共有をめざして | 2020-2022年度 | 熊倉和歌子(AA研) |
| 現代ムスリム知識人の変容と交流 | 2020-2022年度 | 高尾賢一郎（AA研ジュニアフェロー） |
| 東南アジアにおけるイスラーム主義と社会・文化要因の相互作用に関する学際的研究―トランスナショナルなネットワークと現地の応答 | 2020-2022年度 | 富沢寿勇（静岡県立大学） |
| 近代中央ユーラシアにおける歴史叙述と過去の参照 | 2019-2021年度 | 野田仁（AA研） |
| 現代アラブ君主制における正統性原理の変容と再興―イスラーム主義との相克 | 2019-2021年度 | 石黒大岳（日本貿易振興機構アジア経済研究所） |
| イスラーム聖者廟の財産管理に関する史料学的研究：イラン・サファヴィー朝祖廟を事例として | 2018-2020年度 | 渡部良子（東京大学） |
| 共同利用・共同研究課題 | 期間 | 研究代表者 |
| オスマン文書史料の基礎的研究 | 2017-2019年度 | 髙松洋一（AA研） |
| 東南アジアのイスラームと文化多様性に関する学際的研究（第三期）― 紛争と共存のダイナミクス | 2017-2019年度 | 富沢寿勇 （静岡県立大学） |
| イスラームに基づく経済活動・行為（第二期） | 2016-2018年度 | 福島康博（AA研） |
| 中東社会における宗教宗派的・政治社会的少数派に関する研究 | 2016-2018年度 | 近藤洋平（AA研） |
| 近世イスラーム国家と周辺世界 | 2014-2016年度 | 近藤信彰（AA研） |
| シティズンシップと政治参加 ―移民／難民によるコミュニティ形成と社会福祉への影響の比較研究― | 2014-2016年度 | 錦田愛子（AA研） |
| 東南アジアのイスラームと文化多様性に関する学際的研究（第二期） | 2014-2016年度 | 富沢寿勇 （静岡県立大学） |
| イスラームに基づく経済活動・行為 | 2013-2015年度 | 福島康博（AA研） |
| 中東都市社会における人間移動と多民族・多宗派の共存（第2期） | 2013-2015年度 | 黒木英充（AA研） |
| 東南アジアのイスラームと文化多様性に関する学際的研究 | 2011-2013年度 | 床呂郁哉（AA研） |
| 近世イスラーム国家と多元的社会 | 2011-2013年度 | 近藤信彰（AA研） |
| 移民／難民のシティズンシップ ―国家からの包摂と排除をめぐる制度と実践― | 2011-2013年度 | 錦田愛子（AA研） |
| 中東都市社会における人間移動と多民族・多宗派の共存 | 2010-2012年度 | 黒木英充（AA研） |
このうち「中東都市社会」「中東の少数派」「現代アラブ君主制」、「東南アジアのイスラーム」「東南アジアのイスラーム主義」は、それぞれベイルート、コタキナバルの海外拠点において実施する国際共同研究のプロジェクトです。
また、「中東都市社会」には、サブプロジェクトとして中東の4都市（ベイルート、アレッポ、イスタンブル、テヘラン）を対象とした「中東都市多層ベースマップシステム」の構築が付属しています。
詳しくは各プロジェクトのページをご覧ください。
